Le présent article, issu d’une recherche doctorale, examine les stratégies d’influence durable des organisations musulmanes dans la gouvernance au Mali : perception à Bamako et Tombouctou. La relation entre le pouvoir politique et le pouvoir religieux a toujours eu un caractère ambigu, marquée par une compétition hégémonique. Cependant, il est plus qu’impératif d’alerter sur le danger que représente l’influence croissante du religieux sur le politique. L’influence du religieux dans l’espace public pourrait nuire à la stabilité sociopolitique, en accentuant les tensions sociales et politiques. Face à cette situation, le Mali se trouve confronté à une ambiguïté croissante quant à la séparation des pouvoirs religieux et politiques. De même, elle suscite un véritable questionnement sur l'avenir de l'État malien, en particulier concernant sa capacité à maintenir des politiques publiques cohérentes, laïques et inclusives. Pour répondre à cette problématique, nous avons opté pour la méthode qualitative qui s’appuie sur les guides d’entretien, les groupes de discussion et l’observation directe. Nous nous sommes entretenus avec un échantillon de : 189 personnes dont 124 à Bamako et 65 à Tombouctou. L’échantillon se compose, d’autorités religieuses, de responsables de partis politiques, d’acteurs de la société civile, de professionnels des médias et de citoyens ordinaires. L’enquête s’est déroulée de juin à Novembre 2021 à Bamako et de mars à avril 2022 à Tombouctou. Les résultats de l’étude révèlent que les organisations musulmanes utilisent deux principales stratégies : formation des fidèles à résister aux décisions jugées arbitraires des gouvernants et légitimation ou contestation des actions politiques. Au regard des stratégies mobilisées, nous pouvons affirmer que les organisations musulmanes continuent de façonner les dynamiques sociales et politiques du Mali.